Для каждой из половин острова Православие — религия меньшинства. В индонезийской части Гвинеи главенствует ислам, а в новогвинейской — протестантизм. Однако, несмотря на трудные условия, Православное христианство смогло закрепиться и в таком, казалось бы, неблагоприятном регионе.
Православных христиан на острове пока немного — несколько сотен человек. Более успешно обстоят дела с православной миссией в западной части острова — индонезийской. Восточная часть острова — независимое государство Папуа еще ждет своих миссионеров.
В Индонезии довольно давно существуют приходы Русской Зарубежной Церкви. Благодаря их поддержке в столице западной части Новой Гвинеи, Джаяпуре, был открыт первый православный приход. Его возглавил бывший протестантский пастор, а теперь священник Афанасий Музенди. Отец Афанасий продал свою собственность, чтобы приобрести землю для храма. На строительство средства собирали всем миром.
В 2009 году храм в честь святителя Афанасия Великого в Джаяпуре был построен. По виду он совсем скромный, но обеспечивает все нужды общины. Богослужения в нем регулярно посещают около тридцати человек. В храме нет специального хора. На службе поют все. Богослужение совершается отчасти на папуасском наречии, отчасти на индонезийском языке. Отцу Афанасию приходится самостоятельно переводить тексты песнопений. В приходе принято при входе в храм снимать обувь — из уважения к святости места. А Причастие люди принимают, становясь на колени.
